A causa delle differenze di altezza, il clima Kenya può essere suddiviso in 4 aree climatiche principali:

Fascia Costiera: La fascia costiera presenta un clima caldo e umido durante tutto l'anno, ma temperata dalle forti brezze marine, le temperature medie massime di Mombasa variano tra i 32°C di marzo e i 28°C di luglio, le temperature medie minime variano tra i 20°C di agosto e i 24°C di marzo. La media annuale delle precipitazioni supera i 1000 mm, in questa zona i mesi più piovosi sono aprile e maggio, una seconda meno intensa stagione delle piogge si ha tra ottobre e novembre.

Kenya settentrionale e pianure interne: In questa area del paese il clima è molto secco e arido, con elevate temperature, specialmente nelle pianure, con medie massime che variano nel corso dell'anno tra i 36°C e i 33°C e medie minime che variano tra i 22°C e i 25°C. Le precipitazioni medie annue variano tra i 500 mm e i 200 mm delle estreme regioni settentrionali.

Altipiani del Kenya: Si tratta della zona centrale e occidentale del paese, gran parte di questa zona si trova tra i 1200 e i 2200 metri di altezza. Il clima di questa regione è caratterizzato da due stagioni delle piogge con una media delle precipitazioni attorno ai 1000-1300 mm all'anno. La pioggia cade tra aprile e maggio (i mesi più piovosi) e tra novembre e dicembre. La regione del lago Vittoria è la più piovosa del Kenya in particolare gli altopiani a nord e a sud di Kisumu, che registrano una media annuale delle precipitazioni che varia tra i 1,700 mm e i 1,900 mm.

La capitale Nairobi, si trova in questa regione, e ha un clima temperato moderato dall'altitudine (1661 m), le estati sono soleggiate e calde mentre gli inverni sono freschi. Le temperature medie massime di Nairobi variano tra i 25°C di febbraio e marzo e i 20°C di luglio, le temperature medie minime variano tra i 10°C di luglio e i 14°C di aprile. La pioggia cade tra aprile e maggio (i mesi più piovosi) e tra novembre e dicembre, i mesi più secchi sono quelli tra giugno e settembre, la media annuale delle piogge è di 1000 mm.

Montagne: Le zone che si trovano ad altezze superiori ai 2500 metri hanno un clima più freddo, con possibili gelate e alle quote più elevate anche neve.

Il periodo migliore per una visita del Kenya sono i mesi tra gennaio e febbraio e quelli tra giugno e settembre.