Gli altopiani interni sono caldi e piovosi tra novembre ed aprile, mentre per il resto dell'anno sono freschi e ventosi, la capitale Antananarivo, che si trova nell'area degli altopiani, ha un piacevole clima temperato e una media di 1 400 mm di pioggia all'anno che cadono quasi tutti durante la stagione delle piogge tra novembre ed aprile. Le temperature medie massime ad Antananarivo variano dai 27°C di gennaio ai 20°C di luglio e agosto, mentre le temperature medie minime variano tra i 17°C di febbraio e i 10°C di luglio e agosto.

La costa orientale è la più piovosa regione del Madagascar, essa infatti presenta un clima sub-equatoriale molto piovoso con medie annuali di 3 500 mm di pioggia, quest'area è anche esposta durante il monsone, tra dicembre e marzo, a possibili cicloni. Lungo la costa orientale le temperature medie massime variano tra i 30°C di febbraio ai 25°C di luglio e agosto, mentre le temperature medie minime variano tra i 22°C di gennaio e i 17°C di agosto.

La costa occidentale è generalmente più secca sia di quella orientale che degli altopiani, lungo questa costa la quantità delle precipitazioni diminuisce da nord verso sud, la città di Antsiranana all'estremo nord riceve 1 200 mm di pioggia all'anno, mentre la cittadina di Maintirano, situata al centro della costa occidentale, riceve circa 1 000 mm di pioggia all'anno, più a sud, a Toliara per esempio la media annua di pioggia si aggira attorno ai 410 mm. Il sud e il sud-ovest del Madagascar hanno un clima semi-desertico.

L'isola di Nosy Be che si trova lungo la costa nord occidentale ha un particolare microclima influenzato dalla presenza del massiccio del Tsaratanana e riceve una media di 2 000 mm di pioggia all'anno, concentrate durante la stagione delle piogge tra novembre ed aprile.

Il miglior periodo per una visita del Madagascar sono i mesi tra maggio ed ottobre, essi presentano temperature miti e poca pioggia, da evitare i mesi da gennaio a marzo.