La stagione delle piogge, calda e umida, va da novembre ad aprile, mentre la stagione relativamente più secca e fresca va da maggio ad ottobre. Le piogge cadono di solito durante la notte. Le isole montuose ricevono più piogge degli atolli corallini, l'isola di Mahé riceve annualmente una media di circa 2 200 mm di pioggia, Praslin circa 1 500 mm, mentre l'atollo corallino di Aldabra si ferma a 600 mm di pioggia all'anno. Le isole si trovano fuori dalla fascia interessata dagli uragani, quindi questi sono un evento piuttosto raro, solo gli arcipelaghi meridionali delle Isole Amirante, delle Isole Cosmoledo, delle Isole Farquhar e delle Isole di Aldabra possono essere interessati da cicloni nei mesi di gennaio e febbraio.

Le temperature si mantengono costanti con minime variazioni, le temperature medie massime variano durante l'anno tra i 31°C di marzo e aprile e i 28°C di luglio e agosto, le temperature medie minime restano attorno ai 24°C-25°C durante tutto l'anno. La temperatura dell'acqua del mare varia tra i 26°C e i 30°C.

I mesi migliori per una visita delle Seychelles sono quelli, più freschi e secchi, che vanno da aprile ad ottobre.