Il clima di El Salvador è caldo sub-tropicale e varia in funzione dell'altitudine. La stagione secca è tra novembre e aprile. Le aree costiere presentano un clima particolarmente caldo con una stagione delle piogge tra maggio e ottobre con intensi temporali, con una media annuale di precipitazioni attorno ai 1700 mm. Le alte terre presentano un clima più fresco e piovoso con circa 1800-2500 mm all'anno. Le temperature variano notevolmente in funzione dell'altezza. Le regioni del Pacifico sono le più calde con temperature medie tra i 25°C e i 29°C, la capitale San Salvador che si trova a quasi 700 mslm ha temperature che variano tra i 16°C e i 34°C, le zone più elevate del paese hanno temperature medie che variano tra i 12°C e i 23°C. La stagione migliore per la visita del paese è quella secca tra novembre ed aprile.