Per le regioni interne e la costa dell'Oceano Pacifico, la stagione secca va da novembre ad aprile, mentre il periodo più piovoso va da maggio ad ottobre, la quantità media di pioggia annua varia dai 2400 mm della costa settentrionale agli 950 mm dell'area della capitale Tegucigalpa. La costa settentrionale, quella che si affaccia lungo il mar dei Caraibi, durante l'estate, tra maggio ed ottobre, la stagione delle piogge più intense, è anche soggetta agli uragani. Il periodo migliore per una visita dell'Honduras è durante la stagione secca tra novembre ed aprile.