Nell'arcipelago ci sono tre distinte stagioni: la stagione delle piogge che va da metà maggio a novembre, e due stagioni secche, la stagione fresca e secca che va da dicembre a febbraio e la stagione calda che va da marzo a maggio. Le piogge avvengono quando soffia il monsone di sud-ovest (da metà maggio a novembre), mentre il monsone di nord-est (dicembre-maggio) è in genere più secco. Le aree occidentali del paese, quelle che si affacciano sul mar Cinese Meridionale, hanno stagioni secche e umide ben marcate tra loro, proseguendo verso est la stagione secca diminuisce in durata fino a scomparire, le piogge sono più intense lungo la costa orientale delle isole, quella affacciata sull'oceano Pacifico. Nelle isole più meridionali da Cebu a Mindanao non c'è una ben definita stagione secca, ma il clima è umido e caldo durante tutto l'anno, i mesi meno piovosi sono quelli da febbraio ad aprile. La media annuale delle precipitazioni nelle Filippine varia tra i 950 mm e i 4000 mm.

Gli uragani tropicali si abbattono sull'arcipelago tra giugno e dicembre, le aree più colpite sono generalmente le aree settentrionali e orientali dell'isola di Luzon, l'isola di Bicol e le Visayas orientali (Samar, Leyte).

Le temperature delle isole rimangono costanti durante tutto l'anno, gennaio è il mese più freddo dell'anno con una temperatura media di 25°C, mentre aprile e maggio sono i più caldi con temperature medie di 28°C.

La temperatura dell'acqua del mare varia tra i 27°C e i 31°C.

Il miglior periodo per un viaggio nelle Filippine sono i mesi tra dicembre e maggio.