Il monsone di sud-ovest soffia tra giugno e settembre, e colpisce in particolare la costa sud-occidentale del Sabah, questo monsone è meno umido di quello di nord-est. La Malaysia peninsulare riceve annualmente una media di circa 2500 mm di pioggia, negli altopiani, le precipitazioni sono maggiori, arrivando nella Maxwell's Hill a 5000 mm all'anno, anche il Borneo malese supera in alcune aree i 5000 mm di pioggia all'anno. Le temperature variano di poco da stagione a stagione e anche tra il giorno e la notte le variazioni sono minime. Le temperature minime sono generalmente sopra ai 20°C mentre le temperature massime superano i 30°C durante tutto l'anno.

La capitale Kuala Lumpur è calda e umida durante tutto l'anno, con piogge ben distribuite, ma con massimi di precipitazioni nei mesi tra marzo e aprile e tra settembre e novembre, la pioggia cade spesso sotto forma di intensi acquazzoni pomeridiani. I mesi relativamente più secchi dell'anno sono giugno e luglio.

Il periodo migliore per un viaggio in Malaysia sono i mesi tra maggio e settembre.