O clima, de tipo continental, é caracterizado por verões curtos e relativamente leves (a temperatura média no verão é de cerca de 18°C) e longos invernos, frios e escuros (a temperatura média para janeiro é de cerca de 5°C, mas nos meses mais frios a temperatura pode cair para -30°C). A precipitação é escassa, principalmente no verão. 

A localização setentrional da Estónia significa longos dias de verão (o dias mais longos do verão passado 19 horas) e escuros invernos com dias que duraria apenas 6 horas. A precipitação é distribuída ao longo do ano, mas são mais intensas entrejunho e novembro. Fortes quedas de neve são comuns nos meses de Inverno. 

A melhor época para viajar para a Estónia são os meses entre Abril e Setembro. Julho e agosto são os meses mais quentes, mas muitas vezes até mesmo o mais chuvosos.