A Macedónia tem um clima continental pronunciado com invernos frios, marcados gamas de temperatura e temperaturas que podem descer a -15°C, e os verões são quentes com temperaturas que podem atingir 40°C. O ar seco deixa, no entanto, temperaturas extremas suportável.

A Macedónia tem três zonas climáticas: clima mediterrânico temperado, clima das montanhas e clima continental. O clima das montanhas caracteriza as zonas montanhosas do país, os invernos são longos e nevados e os verões curtos e quentes. A maior parte do país tem um clima continental com verões quentes e secos e invernos relativamente frios e húmido.

A precipitação anual varia entre 1 700 mm nas montanhas, até menos de 500 mm, no vale do Vardar. As temperaturas de verão estão em sintonia com o clima mediterrâneo (média de julho: 25°C a 26°C nas planícies), mas os invernos são duros (média de janeiro: 0°C a 2°C).  

Na capital Skopje, a média de temperaturas mínimas variam entre -3°C em janeiro e 15°C em julho. A média da temperatura máxima varia entre 31°C em julho e 5°C em janeiro.  

O final da primavera e início do Outono são as melhores épocas para viajar para a Macedónia.